大阪府が公開している「よくあるご質問」の注釈をします。
Ｑ14 同一敷地内に複数のグループ企業がある場合、グループ全体として排出事業者になるか？
Ａ14
産業廃棄物の排出事業者責任は、独立した法人である個々のグループ企業にあるため、個々の企業が委託基準を遵守して個々に契約を交わしマニフェストを交付する必要があります。このため、産業廃棄物の処理に係る委託契約は、個々のグループ企業の名義において行われなければなりません。また、同一企業グループであっても他の法人において産業廃棄物の処理を行う場合には委託基準が適用されます。
※注釈
2017年改正では、「グループ企業による産業廃棄物処理の特例認可」制度が新設されたましたが、
あくまでもそれは「認可」を受けた場合のみに適用されるものであり、
基本原則は、この質疑の答えのとおりとなります。